Diantara prasasti tersebut tertulis nama Jan Pieterszoon Coen, seorang Gubernur Jenderal yang berhasil menguasai kota Jayakarta pada tanggal 30 Mei 1619 setelah kekuasaan P. Jayakarta lumpuh akibat pertentangan dengan Kraton Banten, Dalam tahun 1621 Heeren XVII memerintahkan Coen untuk memakai nama Batavia untuk kota Pelabuhan Jayakarta. Kota Batavia yang dibangun oleh Coen diatas puing reruntuhan Jayakarta dengan membuat suatu kota tiruan sesuai dengan kota-kota di negeri Belanda.

Sebagai akibat terjadinya gempa, bangunan Gereja Belanda Baru itu telah rusak. Selanjutnya lokasi bekas Gereja tersebut dibangunlah gedung yang nampak sebagaimana sekarang ini dengan fungsinya sebagi gudang milik perusahaan Geo Wehry & Co. Bagian muka museum ini dibangun pada tahun 1912 dengan gaya Noe Reinaissance, dan pada tahun 1938 seluruh bagian gedung ini dipugar dan disesuaikan dengan gaya rumah Belanda pada zaman Kompeni.

Sesuai besluit pemerintah Hindia Belanda tertanggal 14 Agustus 1936 telah ditetapkan gedung beserta tanahnya menjadi monumen. Selanjutnya dibeli oleh Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen ( BG ) yaitu lembaga independent yang didirikan untuk tujuan memajukan penelitian dalam bidang seni dan ilmu pengetahuan khususnya dalam bidang-bidang ilmu biologi, fisika, arkeologi, kesusastraan, etnologi dan sejarah, serta menerbitkan hasil penelitian.

Pada tahun 1937 oleh lembaga tersebut gedung diserahkan kepada Stichting oud Batavia dan kemudian dijadikan museum dengan nama “ de oude Bataviasche Museum “ atau museum Batavia Lama “ yang pembukaannya dilakukan oleh Gubernur Jenderal Hindia Belanda terakhir, Jonkheer Meester Aldius Warmoldu Lambertus Tjarda van Starkenborg Stachouwer (22 Desember 1939)

Sejak pendudukan Jepang dan revolusi kemerdekaan R.I. gedung museum ini tidak terawat. Pada tahun 1957 diserahkan kepada Lembaga Kebudayaan Indonesia ( LKI ) dan sejak itu nama museum diganti menjadi Museum Jakarta Lama

Pada tanggal 1 Agustus 1960 namanya disingkat menjadi Museum Jakarta. Pada tanggal 17 September 1962 oleh LKI diserahkan kepada pemerintah R.I. cq Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dan pada akhirnya pada tanggal 23 Juni 1968 oleh Dirjen Kebudayaan Dep. Pendidikan dan Kebudayaan gedung museum diserahkan kepada Pemerintah DKI Jakarta dan di gedung ini pula Dinas Museum dan Sejarah DKI Jakarta berkantor

Sejak kepindahan Museum Jakarta (sekarang Museum Sejarah Jakarta) ke gedung bekas KODIM 0503 Jakarta Barat yang dahulunya disebut gedung Stadhuis / Balaikota, maka bekas gedung Dinas Museum dan Sejarah DKI Jakarta kemudian dijadikan Museum Wayang. Gagasan didirikannya Museum Wayang adalah ketika Gubernur DKI Jakarta H. Ali Sadikin ketika menghadiri Pekan Wayang II tahun 1974. Dengan dukungan panitia acara tersebut, Gubernur DKI Jakarta dengan para pecinta wayang, Pemerintah DKI Jakarta menunjuk gedung yang terletak di Jl. Pintu Besar Utara No. 27 sebagai Museum Wayang.

Sebagai pendamping Museum Wayang didirikan Yayasan Nawangi dengan H. Budiardjo sebagai Ketua Umum. Selanjutnya Yayasan menunjuk Ir. Haryono Haryo Guritno sebagai pimpinan proyek pendirian Museum Wayang. Sesudah penataan koleksi wayang selesai maka pada tanggal 13 Agustus 1975 diresmikan pembukaan Museum Wayang oleh Gubernur DKI Jakarta H. Ali Sadikin. Museum Wayang merupakan Unit Pelaksana Teknis Dinas Kebudayaan dan Permuseuman di bidang pewayangan terakhir berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Propinsi DKI Jakarta Nomor 134 tahun 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kebudayaan dan Permuseuman Propinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta (BAB VIII, Pasal 33, 1).